AIが予測したタンパク質構造が正しければ、臨床試験を経てCOVID-19コロナウイルスのワクチン開発につながる可能性がある

DeepMindは、COVID-19を引き起こすコロナウイルス、SARS-CoV-2に関連する6つのタンパク質の構造を詳述したAIソフトウェアの課題を公開した。

機械学習スタートアップのDeepMindは、今回の発見が、このバイオハザードの世界的な蔓延を阻止し、逆転させるためのワクチン開発に役立つことを期待しています。ウイルスのタンパク質構造を理解することで、科学者はウイルスの作用機序と阻止方法を理解することができます。いくつかの研究室は、計算または実験によって生成された独自のタンパク質データを共有しており、DeepMindもAIを活用した取り組みでこれに参入しました。

皮肉屋の人はこれをマーケティングの策略と見るかもしれません。しかし、試してみたい方は、調査結果をダウンロードできます。それを脇に置いておくと、ここで人工知能を使用する大きな理由の一つは、物理的な実験室での作業よりも速く、そしておそらく同等の精度が得られることです。

この新興企業の研究者たちは、2018年末に発表されたモデル「AlphaFold」を用いて、SARS-CoV-2のタンパク質構造のうち6つを予測した。彼らは、ゲノム配列解読プロジェクトから得られた数十万種のタンパク質の形状と機能を記述したオープンデータベース「Universal Protein Resource」のデータを活用し、AlphaFoldの予測を支援した。ちなみに、このソフトウェアは新型コロナウイルスのタンパク質構造を予測するために「フリーモデリング」と呼ばれる手法を用いている。

「これらの構造予測は実験的に検証されていないことを強調しますが、ウイルスの機能に関する科学界の調査に貢献し、治療薬開発における将来の実験作業の仮説生成プラットフォームとして役立つことを期待しています」とディープマインドは木曜日に述べた。

新型コロナウイルスについてはまだほとんど何も分かっていないため、6つの予測がどれほど正確であるかは不明です。しかし、モデルの一つは、テキサス大学オースティン校と米国立衛生研究所傘下の国立アレルギー・感染症研究所の科学者グループが実験的に導き出したモ​​デルと類似しています。どちらも「スパイクタンパク質構造」を特徴としています。

ディープマインドは、その結果を英国の生物医学研究機関であるフランシス・クリック研究所の研究者と共有し、自社のウェブサイトからダウンロードできるようにした。

「通常であれば、この研究は学術誌の査読を経てから発表します。しかし、事態の深刻さと時間的制約を考慮し、予測された構造を現状のまま、誰でも利用できるようオープンライセンスで公開します」と声明は述べている。

世界保健機関の最新報告によると、本稿執筆時点では、COVID-19の感染者数は76か国で93,090人、死亡者数は3,198人となっている。®